Conheça os docentes do Programa de Pós-Graduação em Bioquímica
Prof. Dr. Adriano Silva Sebollela
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Linha de Pesquisa: Oligômeros proteicos tóxicos são os principais responsáveis pela perda sináptica e o consequente déficit cognitivo em patologias do sistema nervoso central (SNC) como as Doenças de Alzheimer, de Parkinson, e dos prions. Como consequência, a interação dos oligômeros com neurônios passou a ser um alvo estratégico para o desenvolvimento de intervenções terapêuticas inovadoras. Por outro lado, a estrutura dessas espécies tóxicas ainda não foi desvendada, assim como os mecanismos moleculares pelos quais os oligômeros exercem sua toxicidade. Nosso objetivo principal é entender as bases moleculares da toxicidade de oligômeros proteicos associados a doenças, usando como ferramenta principal anticorpos artificiais humanizados, do tipo scFv, capazes de distinguir oligômeros tóxicos de agregados não tóxicos. Estudamos em detalhe as propriedades neuroprotetoras de scFv’s anti-oligômeros tóxicos usando diversos modelos de SNC. Esperamos que reagentes com alto potencial diagnóstico e terapêutico contra neuropatologias ainda sem tratamento instigadas por oligômeros derivem de nossos estudos.
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Número de vagas: 01
Prof. Dr. Antonio José da Costa Filho
Linha de Pesquisa: Possui graduação em Física pela Universidade de São Paulo (1994). Seu projeto de doutoado foi desenvolvido tanto em São Carlos, sob a orientação do Prof. Otaciro Nascimento, e em Ithaca (EUA), onde passou 3 anos como aluno visitante na Cornell University, trabalhando sob a orientação do Prof. Jack Freed. Durante seu doutorado, trabalhou no desenvolvimento de novos métodos de ressonância magnética eletrônica para o estudo de: (1) interações lipídio-proteína, (2) a estrutura dinâmica de membranas lipídicas e (3) centros metálicos na estrutura de proteínas. Em 2001 recebeu o título de Doutor em Física pela Universidade de São Paulo e passou a atuar como Professor Assistente na USP (Campus São Carlos). Atualmente é Professor Titular da USP-Ribeirão Preto e seus interesses de pesquisa envolvem a investigação de interações entre biomoléculas com ênfase em como a interação entre proteínas e seus ligantes (substratos, inibidores e membranas) pode levar à modulação da função proteica. Recentemente, também se interessou pelo comportamento estrutural de proteínas envolvidas nas vias secretoras não convencionais da célula, em particular as chamadas Golgi Reassembly and Stacking Proteins (GRASPs). Para atingir esses objetivos, seu grupo faz uso de uma abordagem combinada e interdisciplinar de técnicas experimentais, como ressonância magnética, dicroísmo circular e microcalorimetria.
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Número de vagas: 02
Prof. Dr. Arthur Henrique Cavalcante de Oliveira
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Linha de Pesquisa: Possui graduação em Bacharelado em Ciências Biológicas pela Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho (1997), mestrado em Bioquímica pela Universidade de São Paulo (2000) e doutorado em Biologia Celular e Molecular pela Universidade de São Paulo (2004). É Professor Doutor no Departamento de Química da Faculdade de Filosofia Ciências e Letras de Ribeirão Preto (USP) desde outubro de 2005. Atua na área de Bioquímica e Biologia Molecular, investigando estrutura e função de proteínas, especialmente do protozoário parasita Leishmania. A caracterização dos alvos envolve análises proteômicas, a clonagem de seqüências codificadoras, mutação sítio-dirigida, caracterização bioquímica e biofísica , ainda, estudos de atividades funcionais , especialmente por avaliação da virulência com parasitas superexpressores das proteínas alvo.
Prof. Dr. Carlos Arterio Sorgi
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Linha de Pesquisa: Professor Associado com título de Livre-docente na área de Bioquímica pelo Departamento de Química (DQ) da Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto (FFCLRP), Universidade de São Paulo (USP); líder do GeBIL- Grupo de estudos em Biotecnologia e Imunoquímica de Lipídios e orientador de Mestrado/Doutorado de cursos de Pós-Graduação (PG-Bioquimica -FMRP- USP; PPG-BBio - FCFRP-USP; PPGIBA-UFAM). Coordenador de consórcios de pesquisa "ImunoCovid" e "AerobiCOVID" do campus USP- Ribeirão Preto. Possui graduação em Química - (Modalidades: Bacharelado, licenciatura e atribuições biotecnológicas) pela Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto (FFCLRP) -Universidade de São Paulo (USP) (2002); Doutorado-direto pela Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP) - USP (2006) - Departamento de Bioquímica e Imunologia - Programa de Bioquímica; Pós-doutorado pelo CNRS -UMR6218 -Molecular Immunopharmacology - Transgenose Institut- Université du Orleans- França (2011- 2012); Pós-Doutorado sanduíche pela University of Colorado- Denver - EUA e Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto - USP (2014 - 2016) com ênfase em Farmacologia Bioquímica e Molecular. Atuou como Especialista de laboratório (categoria S3) na Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP) - USP (2003 -2020); Tem experiência científica na área de Bioquímica; Biomarcadores; Farmacologia Bioquímica; Imunologia e Biotecnologia. Ênfase em Infecções Virais (COVID-19); Metabolismo de Tumores; Inflamação; Espectrometria de Massas aplicados a biomoléculas (Lipidoma e Metaboloma) e Enzimologia do metabolismo celular.
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​Número de vagas: 02
Prof. Dr. Fausto Bruno dos Reis Almeida
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Linha de Pesquisa: Professor Doutor da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo (FMRP/USP), em Regime de Dedicação Integral à Docência e Pesquisa (RDIDP). Concluiu estágios de Pós-Doutoramento no Department of Microbiology and Immunology - Albert Einstein College of Medicine of New York (2014-2015) e no Departamento de Biologia Celular e Molecular e Bioagentes Patogênicos da FMRP - USP (2013-2016). Biólogo (UFG - 2006), Mestre (2009) e Doutor (2013) em Biologia Celular e Molecular pela FMRP/USP, com estágio sandwich junto a University of Texas - USA (2010). Vesículas extracelulares como fator de virulência fúngica. As principais áreas de atuação do grupo são: estudos de bioquímica, microbiologia, patogênese e biologia celular das doenças infecciosas fúngicas. Investigamos mecanismos de secreção não convencional em fungos, visando elucidar a patogênese e biologia de doenças infecciosas, bem como a interação fungo hospedeiro.
Prof. Dr. Francisco Assis Leone
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Linha de Pesquisa: Estrutura e função de ATPases translocadoras de ions - Esta linha de pesquisa tem como objetivo caracterizar cinética e bioquimicamente a (Na+,K+)-ATPase e as possíveis isoformas existentes no tecido branquial de diferentes espécies de crustáceos capturados em seu habitat natural ou aclimatados artificialmente em diferentes salinidades. Esse estudo deverá contribuir para um maior entendimento das adaptações bioquímicas e fisiológicas associadas à colonização do ambiente dulcícola pelos crustáceos, ao longo da evolução, e também para a compreensão dos mecanismos de regulação da atividade da enzima em resposta à alteração da salinidade do meio externo.
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Número de vagas: 02
Prof. Dr. Germán Gustavo Sgro
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Linha de Pesquisa: Os sistemas de secreção bacterianos são poderosas máquinas moleculares feitas por múltiplas subunidades protéicas, que possuem a capacidade de translocar diversas moléculas (desde pequenos compostos até proteínas ou ácidos nucleicos) tanto para o meio extracelular como para outra célula alvo, onde cumprem uma função fisiológica. O nosso grupo estuda estas poderosas máquinas moleculares em modelos bacterianos menos estudados, como o Sistema de secreção tipo 3 utilizado nas interações patogênicas e simbióticas entre bactérias e plantas. No nosso laboratório utilizamos a microscopia eletrônica, técnica que está revolucionando o campo da Biologia Estrutural nos últimos anos, para a resolução das estruturas e dos mecanismos de ação dessas máquinas moleculares. Também fazemos o uso de outras técnicas, tais como RMN, cristalografia de raios X, e SAXS; e estratégias computacionais, especialmente simulações de docking e dinâmica molecular, como abordagens e ferramentas complementares. Ao mesmo tempo, nossos estudos empregam uma variedade de métodos e técnicas laboratoriais, como a caracterização de cepas nocautes, a análise da expressão gênica e das interações protína-proteína, microscopia de fluorescência, entre outras.
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Número de vagas: 03
Prof. Dr. Gustavo Henrique Goldman
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Linha de Pesquisa: Linhas de pesquisa: 1 - Análise molecular da calcineurina em fungos patogênicos humanos; 2 - Identificação de genes preferencialmente expressos na fase patogenica de P. brasiliensis; 3 - Construção de cepas industriais de Saccharomyces cerevisiae capazes de metabolizar xilose; 4 - Expressão de genes de Trichoderma reesei e Aspergillus niger crescidos em bagaço de cana de açúcar.
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Número de vagas: 02
Profª. Drª. Isis do Carmo Kettelhut
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Linha de Pesquisa: O laboratório se dedica ao estudo do controle hormonal, nutricional e neural do metabolismo de proteínas, lipídios e carboidratos em diferentes modelos fisiológicos e patológicos. Investigamos a regulação das vias de síntese e degradação de proteínas em músculo esquelético e cardíaco e estudamos o controle das vias de geração de glicerol-3-fosfato (G3P) nos tecidos adiposos branco e marrom, e no fígado.
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Número de vagas: 02
Profª. Drª. Lívia Soares Zaramela
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Linha de Pesquisa: Bacharel em Bioquímica pela Universidade Federal de Viçosa (2009). Mestre em Genética e Melhoramento de plantas pela Universidade Federal de Viçosa (2011). Doutorado em Bioquímica pela Universidade de São Paulo, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (2015). Pós-doutorado pela University of California San Diego (2016-2021). Assistente de Projetos Científicos pela University of California San Diego (2021-atual). Busca compreender complexas interações entre microrganismos, o ambiente e seus hospedeiros. Para tal, utiliza-se de uma abordagem multidisciplinar integrando microbiologia, biologia molecular, genética e biologia computacional. Nos últimos anos tem buscado compreender o impacto de processos inflamatórios da microbiota do intestino e na pele humana. Tem especial interesse no papel de ácidos siálicos na interação entre microrganismos e hospedeiro.
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Número de vagas: 02
Profª. Drª. Lucia Helena Faccioli
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Linha de Pesquisa: O laboratório tem experiência na área de Imunologia, com ênfase no estudo da resposta inflamatória e papel dos mediadores lipídicos em infecções pulmonares por bactérias e parasitas. Investiga também resposta imune inata induzida por peçonhas, especialmente de escorpiões. Além disso, trabalha com a investigação de produtos naturais com atividade anti-inflamatória e novas formulações farmacêuticas enfocando sistemas de liberação controlada de mediadores lipídicos.
Profª. Drª. Luciane Carla Alberici
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Linha de Pesquisa: Tem experiência na área de Bioquímica e Metabolismo, atuando principalmente no estudo do metabolismo mitocondrial e estresse oxidativo em patologias como câncer, dislipidemias, obesidade, esteatose e diabetes. Tem experiência também em bioquímica do exercício. O laboratório é focado no estudo da bioenergética mitocondrial e estresse oxidativo bem como o controle neural, hormonal e nutricional da autofagia.
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Número de vagas: 02
Prof. Dr. Marcelo Damário Gomes
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Linha de Pesquisa: Possui graduação em Farmácia-Bioquímica pela Universidade Estadual de Londrina (1987), Mestrado em Biologia Molecular pela Universidade Federal de São Paulo (1993), Doutorado em Biologia Molecular pela Universidade Federal de São Paulo (1997) e Pós-doutorado na Cell Biology - Harvard Medical School (1999-2003). O laboratório tem como linha de pesquisa a proteólise celular, Identificação de substratos e inibidores para as oligopeptidases e também as Bases Moleculares da Participação das Ubiquitinas Ligases na Atrofia Muscular.
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Número de vagas: 02
Profª. Drª. Maria Cristina Nonato
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Linha de Pesquisa: BIOLOGIA ESTRUTURAL NO PLANEJAMENTO DE FÁRMACOS BASEADO EM ESTRUTURA DE PROTEÍNAS. Descrição: Identificar moléculas bioativas como protótipo para o desenvolvimento de fármacos contra doenças negligenciadas, doenças raras, malária e câncer. O estudo foca a validação, caracterização do mecanismo de ação e busca de ligantes de proteínas alvo. Para atingir o objetivo utilizamos uma gama de ferramentas in vitro e in silicoque envolve estudos funcionais e de caracterização estrutural, biofísica e bioquímica, com ênfase na cristalografia de raios-X. Dentro dessa linha de pesquisa destaca-se também o desenvolvimento e aplicação de ferramentas para determinação de potência e caracterização do mecanismo de ação de ligantes/inibidores.
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Número de vagas: 02
Profª. Drª. Maria de Lourdes Teixeira de Moraes Polizeli
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Linha de Pesquisa: Os estudos do laboratório iniciam com a prospecção de fungos filamentosos visando à busca de novos microrganismos produtores de enzimas com aplicações biotecnológicas, como lipases, xilanases, celulases, amilases, fitases, entre outras. Nosso laboratório também desenvolve técnicas de purificação e caracterização bioquímica das enzimas estudadas, visando uma melhor compreensão estrutural dessas. Também contamos com técnicas de biologia molecular, para a expressão heteróloga de algumas proteínas, utilizando os vetores de expressão para Pichia pastoris e Aspergillus nidulans. A expressão heteróloga de proteínas é muito importante quando se pretende proceder ao estudo funcional das mesmas. Desta forma, o alvo do laboratório vai desde a prospecção de novas linhagens (homológas ou heterólogas) até a produção enzimática em bancada ou em larga escala utilizando reatores para aplicação em ração de ruminantes e monogástricos, produção de biodiesel, biobranqueamento de polpa de celulose e/ou formação de coquetéis enzimáticos visando a degradação de paredes celulares de plantas e resíduos agroindustriais, com ênfase na produção de bioetanol.
Prof. Dr. Pietro Ciancaglini
Linha de Pesquisa: Possui graduação em Química (Bacharelado e Licenciatura) pela FFCLRP - Universidade de São Paulo (1985), Mestrado (1989) e Doutorado (1993) em Ciências Biológicas (Bioquímica) pela FMRP - Universidade de São Paulo. Livre Docência (2000) e Professor Titular (2012) pelo Departamento de Química da FFCLRP - USP. Sua linha de pesquisa tem se especializado na obtenção, solubilização, isolamento/purificação e reconstituição de proteínas de membrana em sistemas lipossomais (sistemas nano-estruturados denominados de proteolipossomos). Entre as biomoléculas de principal interesse pode-se destacar: peptídeos antimicrobianos; proteínas antigênicas de membranas de leishmania; fosfatase alcalina, ATPase, NPP1, Anexina. Cabe ressaltar que, apesar de parecerem temas tão diversos, todos são desenvolvidos com metodologias comuns e apresentam mérito e relevância científica. Todos são projetos de pesquisa multidisciplinares originais de grande importância na área de bioquímica/biofísica e biotecnológica. Independentemente do projeto queremos sempre que possível, desenvolver sistemas com um grande potencial de aplicação biotecnológica e de patente, para tratamentos e/ou diagnósticos, além de estudar os processos moleculares de interação proteína-proteína e proteína-lipídeo. Atua também, na formação e capacitação de recursos humanos (Químicos, Mestres, Doutores e Pós-Doutores) junto ao Programa de Pós-Graduação em Química (FFCLRP - USP) e Bioquímica (FMRP - USP), mantendo cooperação de pesquisa com grupos internacionais da Argentina, Estados Unidos da America (USA), Itália, Chile e Cuba.
Prof. Dr. Richard John Ward
Linha de Pesquisa: Possui graduação em Fisiologia - University of Sheffield-UK (1983) e doutorado em Biofísica - The Oxford Research Unit Oxford-UK (1987). Fez pós-doutorado em Biologia Estrutural no European Molecular Biology Laboratory (EMBL), Heidelberg, Alemanha (1987-1991) e Biologia Molecular no Institut fur Medizinische Mikrobiologie, Universitat Mainz, Alemnaha (1991-1993). Foi Professor Visitante no Departamento de Física, IBILCE-UNESP (1993-1996) e entrou na Universidade de São Paulo em 1996. Desde 2017 é Professor Titular no Departamento de Química-FFCLRP da Universidade de São Paulo (campus Ribeirão Preto). Tem experiência na área de Biofísica, com ênfase em Estrutura e Função de Proteínas, atuando principalmente nos seguintes temas: evolução dirigida de proteínas, engenharia de enzimas de interesse industrial, nanotecnologia e sistemas biomiméticas.
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Número de vagas: 02
Prof. Dr. Roberto do Nascimento Silva
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Linha de Pesquisa: O laboratório tem como linha de pesquisa o estudo de fungos, especificamente a espécie Trichoderma reesei no que concerne à regulação transcricional e biologia sistêmica para o entendimento de redes regulatórias visando a deconstrução da biomassa vegetal, que pode ser amplamente utilizada para a produção de etanol bem como ser aproveitada por diversos âmbitos industriais. Nesse âmbito, os estudos do laboratório utilizam genômica funcional para investigar mecanismos transcricionais e de sinalização que envolvem a produção de celulases e xilanases no fungo T. reesei. Além dos estudos com espécies filamentosas, o interesse do grupo também se baseia no estudo de transportadores de açúcares em Saccharomyces cerevisiae para engenharia de cepas de interesse biotecnológico.
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Número de vagas: 03
Prof. Dr. Sérgio Akira Uyemura
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Linha de Pesquisa: Estudos bioenergéticos e moleculares de componentes mitocondriais de microrganismos. Resumo: As mitocôndrias são importantes organelas celulares, as quais são responsáveis não somente pela conversão não somente dos componentes nutritivos em energia. Além de fornecer energia celular, as mitocôndrias estão envolvidas em outras funções, como sinalização, diferenciação celular e morte celular, além de manter o controle do ciclo celular e do crescimento celular. As mitocôndrias têm sido implicadas em várias fisiopatologias, síndromes mitocondriais, disfunção cardíaca, obesidade, processos toxicológicos e outros. Nos últimos 25 anos, o nosso laboratório tem estudado a importância de diferentes componentes mitocondriais para o metabolismo energético e redox, assim como, a participação na patogênese no fungo oportunista Aspergillus fumigatus.
Profª. Drª. Tie Koide
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Linha de Pesquisa: A Biologia Sistêmica é o ramo da ciência que busca entender os organismos biológicos em todos os seus níveis, desde a caracterização de suas partes constituintes (genes, RNAs, proteínas, metabólitos), a elucidação das interconexões entre os distintos membros dessas redes de interações, até a compreensão do organismo como um todo. Tecnologias em escala genômica que exploram dados de transcritoma, proteoma, interações proteína-proteína, proteína-DNA, proteína-RNA, entre outros, representam poderosas ferramentas para as análises sistêmicas. Contudo, cada um desses conjuntos individuais de dados não refletem uma visão global do comportamento celular, uma vez que a complexidade dos organismos vivos é uma propriedade emergente, inerente não só a genes, RNAs, proteínas ou metabólitos, mas é uma consequência de suas ações e interações. Para enfrentar este desafio, nosso laboratório utiliza como modelo a archaea halófila Halobacterium salinarum NRC-1. Este organismo é muito importante no ponto de vista evolutivo pois apresenta a arquitetura básica de procariotos enquanto que os mecanismos moleculares assemelham-se aos de eucariotos, além do grande potencial à aplicações biotecnológicas e industriais. Utilizando ferramentas de Bioinformática aliadas as novas tecnologias em Biologia, nosso grupo busca a caracterização funcional e estrutural de potenciais RNAs não-codificantes (ncRNAs), análise de interações proteína-RNA e RNA-RNA e a integração de todas essas informações com o objetivo de compreender de forma mais completa o comportamento global da célula.
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Número de vagas: 02
Prof. Dr. Vanderlei Rodrigues
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Linha de Pesquisa: Possui graduação em Medicina pela Universidade de São Paulo (1974), graduação em Ciências Biologicas pela Universidade de São Paulo (1970), mestrado em Bioquímica pela Universidade de São Paulo (1978) e doutorado em Bioquímica pela Universidade de São Paulo (1983). Pós-doutorado em biologia molecular de parasitas. National Institute for Medical Research, Londres (1985-1987). O laboratório tem como linhas de pesquisa a Modulação da atividade do proteassoma durante o desenvolvimento do Schistosoma manson e Caracterização da expressão gênica da via proteolítica ubiquitina-proteassoma durante o desenvolvimento deste parasita.
Profª. Drª. Vanessa Carregaro Pereira
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Linha de Pesquisa: Possui graduação em Ciências Biológicas Modalidade Médica pelo Centro Universitário Barão de Mauá (1999), mestrado em Imunologia Básica e Aplicada pela Universidade de São Paulo (2005) e doutorado em Imunologia Basica e Aplicada pela Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto-Universidade de São Paulo (2009). Tem experiência na área de Imunologia, com ênfase em Imunologia celular, atuando principalmente nos seguintes temas: interação parasito-hospedeiro, Imunidade Inata, Imunidade Adaptativa, Regulação da Resposta Imune. O laboratório tem como linha de pesquisa o estudo de mecanismos Reguladores da Resposta Inflamatória na gravidade da Leishmaniose Viscera e o estudo do papel do receptor de adenosina, o A2A, no efeito supressor de células CD4+CD39+ na leishmaniose visceral (LV) experimental.
Prof. Dr. Vitor Marcel Faça
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Linha de Pesquisa: Biomarcadores são indicadores de um estado biológico específico, com aplicações em diagnóstico, terapia ou manipulação genética. Os biomarcadores podem ser proteínas, anticorpos, ácidos nucléicos ou metabólitos. O Laboratório Proteômica do Câncer, iniciado em 2011, está focando inicialmente nos biomarcadores para diagnóstico e terapia do câncer mestastático. A metástase do câncer é responsável pela maioria das mortes causadas por câncer. Assim, os métodos mais efetivos para melhoria dos índices de morbidade e mortalidade por câncer são a detecção precoce, prevenção e tratamento da metástase. Utilizando ferramentas modernas de análise proteômica detalhada e dirigida, juntamente com técnicas de fracionamento de proteínas e análise bioinformática rigorosa, estão sendo estudadas diversas linhagens celulares derivadas de tumores de origens epitelial, como pulmão, mama, pâncreas, ovário e próstata, induzidas in vitro ao processo de metástase. Os biomarcadores identificados in vitro, são validados em amostras clínicas de pacientes e assim poderão ser utilizados como alvos para terapia e/ou diagnóstico do câncer metastático. A mesma abordagem utilizada para o estudo da metástase do câncer pode ser empregada para a identificação de biomarcadores candidatos em outras doenças ou organismos relevantes.
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Número de vagas: 03